APOL2 - APOL2

APOL2
Identifikátory
Aliasy	APOL2APOL-II, APOL3, apolipoprotein L2
Externí ID	OMIM: 607252 MGI: 2444921 HomoloGene: 12785 Genové karty: APOL2
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 22 (lidský)
Konec	36,239,954 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 15 (myš)
Konec	77,757,003 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba na receptory; • vazba lipidů; • vázání lipoproteinových částic s vysokou hustotou;
Buněčná složka	• cytoplazma; • extracelulární oblast; • membrána endoplazmatického retikula; • membrána;
Biologický proces	• vývoj mnohobuněčných organismů; • metabolický proces lipoproteinů; • transport lipidů; • metabolický proces cholesterolu; • reakce v akutní fázi; • mateřský proces spojený s těhotenstvím žen; • metabolismus lipidů; • doprava;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	23780
	239552
	ENSG00000128335
	ENSMUSG00000056656
	Q9BQE5
	n / a
	NM_030882; NM_145637
	NM_001081970; NM_001357895; NM_001357896
	NP_112092; NP_663612
	n / a
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Apolipoprotein L2 je protein že u lidí je kódován APOL2 gen.^[5]^[6]^[7]

Tento gen je členem apolipoprotein L genová rodina a protein v této rodině jsou proteiny vázající lipidy. Tento gen kóduje protein 37,1 kDa a Proteinová sekvence obsahuje 337 bp. Lokalizace tohoto proteinu se vyskytuje hlavně v cytosol, nukleoplazma a navíc je to vidět také v Jaderná tělesa.^[8] Zapojení tohoto genu může ovlivnit pohyb lipidů a vazbu lipidů na organely. Pro tento gen byly nalezeny dvě varianty transkriptu kódující stejný protein.^[7]

Sekvence proteinů

> sp | Q9BQE5 | 1-337

MNPESSIFIEDYLKYFQDQVSRENLLQLLTDDEAWNGFVAAAELPRDEADELRKALNKLA

SHMVMKDKNRHDKDQQHRQWFLKEFPRLKRELEDHIRKLRALAEEVEQVHRGTTIANVVS

NSVGTTSGILTLLGLGLAPFTEGISFVLLDTGMGLGAAAAVAGITCSVVELVNKLRARAQ

ARNLDQSGTNVAKVMKEFVGGNTPNVLTLVDNWYQVTQGIGRNIRAIRRARANPQLGAYA

PPPHIIGRISAEGGEQVERVVEGPAQAMSRGTMIVGAATGGILLLLDVVSLAYESKHLLE

GAKSESAEELKKRAQELEGKLNFLTKIHEMLQPGQDQ

Interakce

APOL2 bylo prokázáno komunikovat s:

IFN-y,^[9]

CD81,^[10]

TNF-α,^[11]

Bcl-2,^[12]

Varianty spojení

ApoL2 má 5 variant sestřihu,^[13]

APOL2-001

Tento přepis má 6 exonů, 12 domén a funkce jsou anotovány, 263 variant s tím souvisí a mapuje 35 oligo sond.

APOL2-002

Tento přepis má 5 exonů, 12 domén a funkce jsou anotovány, 263 variací souvisí s tímto genem a mapuje se na 37 oligosond.

APOL2-006

Tento přepis má 6 exonů, je opatřen poznámkami se 3 doménami a rysy, 62 variací souvisí s tímto genem a mapuje se na 20 oligosond.

APOL2-008

Tento přepis má 6 exonů, 12 domén a rysy jsou anotovány, 331 variací souvisí s tímto genem a mapuje se na 32 oligo sond.

APOL2-009

Tento přepis má 5 exonů, 4 domény a funkce jsou anotovány, 104 variací souvisí s tímto genem a mapuje 13 oligosond.

Funkce ApoL2

Akutní reakce na zánět ^[14]^[15]
Cholesterol metabolický proces^[16]
Metabolický proces lipidů^[12]
Mateřský proces zapojený do těhotenství ženy^[17]
Vazba lipidů^[18]
Vazba signálního receptoru^[18]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000128335 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000056656 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Dunham I, Shimizu N, Roe BA, Chissoe S, Hunt AR, Collins JE, Bruskiewich R, Beare DM, Clamp M, Smink LJ, Ainscough R, Almeida JP, Babbage A, Bagguley C, Bailey J, Barlow K, Bates KN „Beasley O, Bird CP, Blakey S, Bridgeman AM, Buck D, Burgess J, Burrill WD, O'Brien KP a kol. (Prosinec 1999). „Sekvence DNA lidského chromozomu 22“. Příroda. 402 (6761): 489–95. doi:10.1038/990031. PMID 10591208.
^ Strana NM, Butlin DJ, Lomthaisong K, Lowry PJ (květen 2001). "Shluk genů lidského apolipoproteinu L: identifikace, klasifikace a místa distribuce". Genomika. 74 (1): 71–8. doi:10.1006 / geno.2001.6534. PMID 11374903.
^ ^A ^b „Entrez Gene: APOL2 apolipoprotein L, 2“.
^ "Gen lidského proteinu atlasu: APOL2 apolipoprotein L, 2".
^ Liao W, Goh FY, Betts RJ, Kemeny DM, Tam J, Bay BH, Wong WS (únor 2011). „Nová antiapoptotická role apolipoproteinu L2 v cytotoxicitě indukované IFN-gama v lidských bronchiálních epiteliálních buňkách“. J Cell Physiol. 226 (2): 397–406. doi:10,1002 / jcp.22345. PMID 20665705.
^ Bruening J, Lasswitz L, Banse P, Kahl S, Marinach C, Vondran FW, Kaderali L, Silvie O, Pietschmann T, Meissner F, Gerold G (červenec 2018). „Virus hepatitidy C vstupuje do jaterních buněk pomocí proteinů komplexu CD81 receptoru calpain-5 a CBLB“. PLOS patogeny. 14 (7): 55–67. doi:10.1371 / journal.ppat.1007111. PMC 6053247. PMID 30024968.
^ Smith EE, Malik HS (květen 2009). „Rodina apolipoproteinů L programovaných genů buněčné smrti a imunity se rychle vyvinula u primátů na diskrétních místech interakcí hostitel-patogen“. Genome Res. 19 (5): 850–8. doi:10.1101 / gr.085647.108. PMC 2675973. PMID 19299565.
^ ^A ^b Liu Z, Lu H, Jiang Z, Pastuszyn A, Hu CA (leden 2005). „Apolipoprotein l6, nový proapoptotický Bcl-2 homologní protein pouze pro 3, indukuje mitochondrie zprostředkovanou apoptózu v rakovinných buňkách“. Mol Cancer Res. 3 (1): 21–31. PMID 15671246.
^ "Gen lidského proteinu atlasu: APOL2 apolipoprotein L, 2".
^ Rao SK, Pavicevic Z, Du Z, Kim JG, Fan M, Jiao Y, Rosebush M, Samant S, Gu W, Pfeffer LM, Nosrat CA (říjen 2010). "Prozánětlivé geny jako biomarkery a terapeutické cíle v orálním spinocelulárním karcinomu". J Biol Chem. 285 (42): 32512–21. doi:10,1074 / jbc.M110.150490. PMC 2952253. PMID 20702412.
^ Liu Z, Lu H, Jiang Z, Pastuszyn A, Hu CA (říjen 2013). „Mitochondriální proteomická analýza lidských hostitelských buněk infikovaných virem prasečí chřipky H3N2“. J. Proteomika. 8 (91): 136–50. doi:10.1016 / j.jprot.2013.06.037. PMID 23856606.
^ Wang K, Edmondson AC, Li M, Gao F, Qasim AN, Devaney JM, Burnett MS, Waterworth DM, Mooser V, Grant SF, Epstein SE, Reilly MP, Hakonarson H, Rader DJ (červenec 2011). „Pathway-Wide Association Study Implicates Multiple Sterol Transport and Metabolism Genes in HDL Cholesterol Regulation“. Frontiers in Genetics. 2 (4): 41. doi:10.3389 / fgene.2011.00041. PMC 3268595. PMID 22303337.
^ Brosens JJ, Hodgetts A, Feroze-Zaidi F, Sherwin JR, Fusi L, Salker MS, Higham J, Rose GL, Kajihara T, Young SL, Lessey BA, Henriet P, Langford PR, Fazleabas AT (duben 2010). „Proteomická analýza endometria u plodných a neplodných pacientů naznačuje roli apolipoproteinu A-I při selhání implantace embrya a endometrióze.“. MHR: Základní věda reprodukční medicíny. 16 (4): 273–285. doi:10.1093 / mol / mezera 108. PMC 2834406. PMID 20008415.
^ ^A ^b „Nextprot Gene: APOL2 apolipoprotein L, 2“.

externí odkazy

Člověk APOL2 umístění genomu a APOL2 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Člověk APOL3 umístění genomu a APOL3 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

Další čtení

McGhee KA, Morris DW, Schwaiger S (2005). „Vyšetřování rodiny genů apolipoprotein-L (APOL) a schizofrenie s využitím nové strategie sdružování DNA pro veřejné databáze SNP“. Schizophr. Res. 76 (2–3): 231–8. doi:10.1016 / j.schres.2005.01.006. PMID 15949655.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Monajemi H, Fontijn RD, Pannekoek H, Horrevoets AJ (2002). „Klastr genu pro apolipoprotein L se objevil nedávno v evoluci a je exprimován v lidské vaskulární tkáni“. Genomika. 79 (4): 539–46. doi:10.1006 / geno.2002.6729. PMID 11944986.
Duchateau PN, Pullinger CR, Cho MH (2001). „Rodina genů Apolipoprotein L: tkáňově specifická exprese, sestřih, promotorové oblasti; objev nového genu“. J. Lipid Res. 42 (4): 620–30. PMID 11290834.
Adams MD, Kerlavage AR, Fleischmann RD (1995). „Počáteční hodnocení rozmanitosti lidských genů a vzorců exprese na základě 83 milionů nukleotidů sekvence cDNA“ (PDF). Příroda. 377 (6547 Suppl): 3–174. PMID 7566098.

Tento článek o gen na lidský chromozom 22 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000128335 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000056656 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10591208-5] Dunham I, Shimizu N, Roe BA, Chissoe S, Hunt AR, Collins JE, Bruskiewich R, Beare DM, Clamp M, Smink LJ, Ainscough R, Almeida JP, Babbage A, Bagguley C, Bailey J, Barlow K, Bates KN „Beasley O, Bird CP, Blakey S, Bridgeman AM, Buck D, Burgess J, Burrill WD, O'Brien KP a kol. (Prosinec 1999). „Sekvence DNA lidského chromozomu 22“. Příroda. 402 (6761): 489–95. doi:10.1038/990031. PMID 10591208.

[pmid11374903-6] Strana NM, Butlin DJ, Lomthaisong K, Lowry PJ (květen 2001). "Shluk genů lidského apolipoproteinu L: identifikace, klasifikace a místa distribuce". Genomika. 74 (1): 71–8. doi:10.1006 / geno.2001.6534. PMID 11374903.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: APOL2 apolipoprotein L, 2“.

[Protein_Location-8] "Gen lidského proteinu atlasu: APOL2 apolipoprotein L, 2".

[pmid20665705-9] Liao W, Goh FY, Betts RJ, Kemeny DM, Tam J, Bay BH, Wong WS (únor 2011). „Nová antiapoptotická role apolipoproteinu L2 v cytotoxicitě indukované IFN-gama v lidských bronchiálních epiteliálních buňkách“. J Cell Physiol. 226 (2): 397–406. doi:10,1002 / jcp.22345. PMID 20665705.

[pmid30024968-10] Bruening J, Lasswitz L, Banse P, Kahl S, Marinach C, Vondran FW, Kaderali L, Silvie O, Pietschmann T, Meissner F, Gerold G (červenec 2018). „Virus hepatitidy C vstupuje do jaterních buněk pomocí proteinů komplexu CD81 receptoru calpain-5 a CBLB“. PLOS patogeny. 14 (7): 55–67. doi:10.1371 / journal.ppat.1007111. PMC 6053247. PMID 30024968.

[pmid19299565-11] Smith EE, Malik HS (květen 2009). „Rodina apolipoproteinů L programovaných genů buněčné smrti a imunity se rychle vyvinula u primátů na diskrétních místech interakcí hostitel-patogen“. Genome Res. 19 (5): 850–8. doi:10.1101 / gr.085647.108. PMC 2675973. PMID 19299565.

[pmid15671246-12] A ^b Liu Z, Lu H, Jiang Z, Pastuszyn A, Hu CA (leden 2005). „Apolipoprotein l6, nový proapoptotický Bcl-2 homologní protein pouze pro 3, indukuje mitochondrie zprostředkovanou apoptózu v rakovinných buňkách“. Mol Cancer Res. 3 (1): 21–31. PMID 15671246.

[Protein_Information-13] "Gen lidského proteinu atlasu: APOL2 apolipoprotein L, 2".

[pmid20702412-14] Rao SK, Pavicevic Z, Du Z, Kim JG, Fan M, Jiao Y, Rosebush M, Samant S, Gu W, Pfeffer LM, Nosrat CA (říjen 2010). "Prozánětlivé geny jako biomarkery a terapeutické cíle v orálním spinocelulárním karcinomu". J Biol Chem. 285 (42): 32512–21. doi:10,1074 / jbc.M110.150490. PMC 2952253. PMID 20702412.

[pmid23856606-15] Liu Z, Lu H, Jiang Z, Pastuszyn A, Hu CA (říjen 2013). „Mitochondriální proteomická analýza lidských hostitelských buněk infikovaných virem prasečí chřipky H3N2“. J. Proteomika. 8 (91): 136–50. doi:10.1016 / j.jprot.2013.06.037. PMID 23856606.

[pmid22303337-16] Wang K, Edmondson AC, Li M, Gao F, Qasim AN, Devaney JM, Burnett MS, Waterworth DM, Mooser V, Grant SF, Epstein SE, Reilly MP, Hakonarson H, Rader DJ (červenec 2011). „Pathway-Wide Association Study Implicates Multiple Sterol Transport and Metabolism Genes in HDL Cholesterol Regulation“. Frontiers in Genetics. 2 (4): 41. doi:10.3389 / fgene.2011.00041. PMC 3268595. PMID 22303337.

[pmid20008415-17] Brosens JJ, Hodgetts A, Feroze-Zaidi F, Sherwin JR, Fusi L, Salker MS, Higham J, Rose GL, Kajihara T, Young SL, Lessey BA, Henriet P, Langford PR, Fazleabas AT (duben 2010). „Proteomická analýza endometria u plodných a neplodných pacientů naznačuje roli apolipoproteinu A-I při selhání implantace embrya a endometrióze.“. MHR: Základní věda reprodukční medicíny. 16 (4): 273–285. doi:10.1093 / mol / mezera 108. PMC 2834406. PMID 20008415.

[Go_Biological_Process-18] A ^b „Nextprot Gene: APOL2 apolipoprotein L, 2“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]

[16]

[17]

[18]